GEZKI se compone estructuralmente de un órgano representativo y básico que es el Consejo del Instituto compuesto por todos los Miembros de pleno derecho admitidos conforme al reglamento interno del propio Instituto. El segundo órgano es el de gestión y representación configurado en la Dirección de GEZKI. Esta está compuesta por el Director, el Subdirector y el Secretario General. El equipo directivo es elegido cumpliendo el procedimiento electoral vigente en le UPV / EHU.

En virtud de la última elección celebrada el 28 de Marzo de 2003, fue reelegido el siguiente equipo directivo:

• Director: Dr. D.BALEREN BAKAIKOA AZURMENDI. Catedrático de Economía Aplicada de la UPV/EHU.

• Subdirector: Dr. D. MARCO ANTONIO RODRIGO RUIZ. Profesor Titular de Derecho Financiero y Tributario de la UPV/EHU.

• Secretario:   Dr. D. AITOR BENGOETXEA ALKORTA. Profesor Agregado de Derecho del Trabajo y de la Seguridad Social de la UPV/EHU.